Badan ini muncul pada bentuk terawalnya dengan pembentukan Instituut voor Taal en Cultuur Onderzoek (ITCO) yang merupakan sebahagian dari Universitas Indonesia pada tahun 1947 dan dipimpin oleh Prof. Dr. Gerrit Jan Held. Kemudian, pada Mac 1948 pemerintah Republik Indonesia membentuk lembaga bernama Balai Bahasa Yogyakarta di bawah Jawatan Kebudayaan, Kementerian Pendidikan, Pengajaran, dan Kebudayaan.

Pada tahun 1952, Balai Bahasa dimasukkan ke lingkungan Fakultas Sastra Universitas Indonesia dan digabung dengan ITCO menjadi Lembaga Bahasa dan Budaya. Selanjutnya mulai 1 Jun 1959, lembaga ini diubah menjadi Lembaga Bahasa dan Kesusastraan, dan menjadi sebahagian Departemen Pendidikan, Pengajaran, dan Kebudayaan.

Pada tanggal 3 November 1966, lembaga ini berganti nama menjadi Direktorat Bahasa dan Kesusastraan yang berada di bawah Direktorat Jenderal Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Sejak 27 Mei 1969 lembaga itu kembali berubah nama menjadi Lembaga Bahasa Nasional dan secara struktural berada di bawah Direktorat Jenderal Kebudayaan.

Pada 1 April 1975 Lembaga Bahasa Nasional berganti nama menjadi Pusat Pembinaan dan Pengembangan Bahasa. Lembaga yang kerap disingkat dengan nama Pusat Bahasa ini, secara berturut-turut dipimpin oleh Prof. Dr. Amran Halim, Prof. Dr. Anton M. Moeliono, Drs. Lukman Ali, Dr. Hasan Alwi, dan Dr. Dendy Sugono.

Kemudian berdasarkan Keppres tahun 2000, Pusat Pembinaan dan Pengembangan Bahasa berubah nama menjadi Pusat Bahasa. Lembaga ini berada di bawah naungan Sekretariat Jenderal Departemen Pendidikan Nasional.

Kehadiran Undang-undang Nomor 24 Tahun 2009 tentang Bendera, Bahasa, dan Lambang Negara, serta Lagu Kebangsaan menjadi tonggak baru keberadaan lembaga ini. Undang-undang ini mengamanatkan bahwa lembaga kebahasaan bertanggung jawab langsung kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Dengan demikian, status lembaga ini naik dari unit kerja eselon II menjadi eselon I dengan nama Badan Pengembangan dan Pembinaan Bahasa.

Pada perkembangan selanjutnya, terjadi perubahan struktur organisasi di lingkungan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 101 Tahun 2018. Berdasarkan Perpres tersebut, Pusat Perbukuan bergabung dengan Badan Pengembangan dan Pembinaan Bahasa sehingga nama lembaga berubah menjadi Badan Pengembangan Bahasa dan Perbukuan.